توفي الشيخ " محمد المؤيد " في مستشفى النور بمكة المكرمة بعد معاناة طويلة مع المرض.
وعانى الشيخ " المؤيد " من عدة أمراض بعد الإفراج عنه من أحد سجون الولايات المتحدة الأمريكية التي مكثف فيها قرابة 6 سنوات بعد القبض عليه في ألمانيا عام 2003 ونقله إلى معتقل أمريكي مع مرافقه " محمد زايد " بتهمة دعم حركة المقاومة الإسلامية حماس.
ولقب الشيخ المؤيد بابو الأيتام بأعماله الخيرية التي كانت تستهدف الأيتام والفقراء والمساكين.
ويعد مركز ومسجد المؤيد في منطقة الأصبحي - جنوب العاصمة صنعاء - التي كان يقيمها الشيخ " المؤيد " من أبرز المراكز لكفالة الأيتام والأسر الفقيرة حيث كان يضم المركز داراً للأيتام إضافة إلى مؤسسة لكفالة الأسر الفقيرة ومخبز خيري وكان يستقبل التبرعات خصوصاً في شهر رمضان ويكفل آلاف الأسر.